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- Name: Nagato Uzumaki
- Alias: Pain (Pein)
- Herkunft: Amegakure (Regenreich)
- Partner: Konan
- Fähigkeiten: Rinnegan, Beherrschung aller sechs Chakra-Naturen, Kontrolle der „Sechs Pfade des Pains“ Leichen, die er mit Chakra steuert.
- Ziel: Frieden durch Schmerz und Leid erzwingen.
- Tod: Von Naruto überzeugt und stirbt beim Wiederbeleben der Einwohner von Konoha (Selbstmord).
- Name: Konan
- Herkunft: Amegakure (Regenreich)
- Partner: Pain (Nagato)
- Fähigkeiten: Papier-Jutsu („Tanzendes Papier“), kann Körper in Papierblätter auflösen und explosive Fallen erstellen.
- Ziel: Unterstützung von Nagatos Traum eines Friedens.
- Tod: Stirbt im Kampf gegen Tobi (Obito Uchiha).
- Name: Itachi Uchiha
- Herkunft: Konohagakure
- Partner: Kisame Hoshigaki
- Fähigkeiten: Sharingan & Mangekyō Sharingan, Tsukuyomi, Amaterasu, Susanoo, Genjutsu-Meister.
- Ziel: Schutz von Konoha und Sasuke durch Spionage innerhalb der Akatsuki.
- Tod: Stirbt im Kampf gegen Sasuke; später wiederbelebt durch Edo Tensei.
- Name: Kisame Hoshigaki
- Herkunft: Kirigakure
- Partner: Itachi Uchiha
- Fähigkeiten: Samehada (Chakra fressendes Schwert), übermenschliche Chakra, Wasserelement-Techniken.
- Ziel: Unterstützung der Akatsuki-Ziele; loyal zur Akatsuki sein.
- Tod: Selbstmord, um keine Informationen preiszugeben.
- Name: Deidara
- Herkunft: Iwagakure
- Partner: Zuerst Sasori, danach Tobi (Obito Uchiha)
- Fähigkeiten: Explosionen aus Ton , Erd-Element, Fliegen mit Tonvogel.
- Ziel: Seine explosive Kunst verbreiten und Anerkennung als Künstler zu gewinnen.
- Tod: Selbstmord durch eigene Explosion gegen Sasuke.
- Name: Sasori
- Herkunft: Sunagakure
- Partner: Deidara
- Fähigkeiten: Puppenspiel-Meister, machte seinen Körper zur Marionette, benutzt Gift, Puppenspieler.
- Ziel: Ewiges Leben durch Puppenkörper. Und seine eigene Menschlichkeit ablegen.
- Tod: Besiegt von Sakura und Chiyo hat sich am Ende erstechen lassen (Selbstmord).
- Name: Hidan
- Herkunft: Yugakure (Verstecktes Thermalquellen-Dorf)
- Partner: Kakuzu
- Fähigkeiten: Unsterblichkeit durch Religion zum Gott Jashin, Ritual zur Verbindung mit Gegner ähnlich zu einer Voodoo puppe (Überträgt Verletzungen von sich zum Gegner).
- Ziel: Opfert Menschen zu seinen Gott Jashin, um Unsterblichkeit zu erlangen.
- Tod: In Stücke gehackt und lebendig begraben von Shikamaru Nara.
- Name: Kakuzu
- Herkunft: Takigakure
- Partner: Hidan
- Fähigkeiten: Stiehlt und benutzt Herzen anderer für längere Lebensdauer und beinahe Unsterblichkeit, beherrscht alle 5 Chakra Naturen
- Ziel: Geld.
- Tod: Schwer verletzt von Naruto Uzumaki und getötet von Kakashi Hatake
- Name: Shiro Zetsu (weißer Zetsu); Kuro Zetsu (schwarzer Zetsu)
- Herkunft: Kaguya Ōtsutsuki erschuf Schwarzes Zetsu; Weißer Zetsu aus Hashiramas DNA.
- Partner: niemand
- Fähigkeiten: Tarnung, Spionage, Fusion mit Boden, Informationsweitergabe.
- Ziel: Wiederbelebung von Kaguya Ōtsutsuki.
- Tod: Schwarzer Zetsu wird von Naruto und Sasuke versiegelt; Weißer Zetsu getötet.
- Name: Obito Uchiha
- Alias: Tobi, Madara Uchiha
- Herkunft: Konohagakure
- Partner: Deidara
- Fähigkeiten: Sharingan, Mangekyō Sharingan, Kamui.
- Ziel: Die ganze Welt ins infinite Tsukuyomi versetzen um so der Realität zu entfliehen.
- Schicksal: Stirbt, als er eine tödliche Attacke auf sich selber lenkt um Kakashi das Leben zu retten (Selbstmord).
- Name: Orochimaru
- Herkunft: Konohagakure
- Partner: Sasori (früher)
- Fähigkeiten: Körpertausch, Schlangen-Techniken, Unsterblichkeit, viele andere verbotene Jutsu.
- Ziel: Alle Jutsu der Welt erlernen und Unsterblichkeit erreichen.
- Austritt: verlässt die Organsation, da er Itachi nicht besiegen konnte und so seine Kräfte niemals bekommen konnte.
- Tod: Stirbt nicht und lebt bis zur Serie Boruto.